Ada beberapa versi yang menyebutkan tentang keberadaan dan sejarah Pura Lempuyang Luhur, nama Lempuyang berasal dari kata “lampu” yang artinya sinar dan “hyang” berarti sebutan untuk Tuhan, sehingga berarti sinar suci tuhan yang terang benderang, seperti juga letaknya pada sisi Timur pulau Bali yang mana awal dari matahari terbit yang memberikan penerang bagi kehidupan di bumi, sesuai dengan Pura Sad Kahyangan di Bali, posisi sebelah Timur adalah Dewa Iswara dengan senjata Bajra, simbol warna putih dalam bentuk sinar untuk memberikan penerangan.
Asal-usul nama Lempuyang ada yang menyebutkan kalau lempuyang adalah jenis tanaman yang digunakan untuk bahan atau bumbu memasak, hal tersebut terkait juga dengan nama-nama banjar (dusun) yang ada di sekitar Pura Luhur Lempuyang menggunakan nama jenis tanaman tersebut seperti Bajar Gamongan dan Bangle. Ada yang menyebut juga sejarah nama Lempuyang berasal dari kata “empu” atau memomong yang diartikan menjaga, dan itu berkaitan dengan sumber yang menyebutkan bahwa Hyang Pasupati mengutus ketiga putra beliau untuk menjaga Bali Dwipa dari segala guncangan dan bencana alam, sehingga pulau Bali tersebut bisa stabil.
Baca juga : Destinasi Wisata Pura Uluwatu
Sejarah tentang keberadaan Pura Lempuyang Luhur ini, seperti dikutip dalam lontar Kutara Kanda Dewa Purana Bangsul, yang disebutkan; bahwa Sang Hyang Parameswara atau Sang Hyang Pasupati membawa potongan Gunung Mahameru dari Jambhu Dwipa (India), kemudian potongan puncak Gunung Mahameru dibagi menjadi 3 buah bagian besar dan juga bagian-bagian kecil lainnya, tiga bagian besar tersebut puncaknya menjadi Gunung Agung, bagian tengahnya menjadi Gunung Batur dan Gunung Rinjani di Lombok. kemudian bagian-bagian kecil dari Gunung Mahameru tersebut menjadi gunung Lempuyang, Gunung Tapsahi, Siladnyana, Pengelengan, Beratan, Nagaloka, Batukaru, Pulaki, Bukit Rangda, Puncak Sangkur, Teratai Bang, Andhakasa, Padang Dawa, Seraya dan Uluwatu.


Dalam lontar tersebut juga dinyatakan bahwa Sang Hyang Parameswara menugaskan putra beliau yaitu Sang Hyang Agni Jaya Sakti turun ke Bali dengan tujuan untuk menjaga kesejahteraan Bali, kemudian Sang Hyang Agni Jaya Sakti berstana di Pura Luhur Lempuyang, berikut juga dengan dewa-dewa yang lain. Pura Lempuyang luhur memang memiliki status penting akan keberadaan pura di Bali sama seperti keberadaan pura Besakih. Lontar Bali kuno juga menyatakan tiga buah pura besar di Bali tersebut adalah pura Besakih, Ulun Danu Batur dan pura Lempuyang.
Jadi Pura Luhur Lempuyang adalah tempat persembahyangan seluruh umat Hindu di Bali apapun kasta, warna atupun keturunan orang tersebut, sepanjang mereka adalah umat Hindu. Karena itu orang Hindu Bali tidak boleh lupa akan keberadaan Pura Lempuyang Luhur, sesuai dengan bhisama Sang Hyang Agni Jaya yang tertulis dalam lontar Brahmanda Purana, wajib minimal dalam sekali seumur hidup untuk bisa sembahyang di Pura Lempuyang Luhur ini. Jro mangku pengempon Pura Lempuyang Luhur juga mengatakan bagi mereka yang ingin mulai belajar ilmu pengetahuan, apalagi tentang kerohaniawan agama Hindu akan baik sekali untuk sembahyang dan mohon restu di Pura Lempuyang Luhur.
Pengemong dari Pura Lempuyang Luhur adalah krama Pemaksan desa Purayu dan Jumenang. Di pura ini ada tirtha Pingit yang berasal dari air suci dari dalam batang pohon bambu. Untuk mereka yang melakukan upacara-upacara besar, mereka nunas (memohon) tirta Pingit tersebut di Pura Lempuyang Luhur.
Baca juga : Destinasi Wisata Pura Lempuyang
Baca juga : Destinasi Wisata Pura Lempuyang
Baca juga :Destinasi Wisata Pura Lempuyang